日々の入出金を帳簿に記帳するときには、必要経費を科目に分け、整理して記帳します。業務ごとに、どんな費用がどの科目に当たるのか決められています。
詳しくは、業務ごとの一覧をご覧ください。
租税公課 租税；農地（田・畑）に対するものは、全額経費になります。宅地に対するものは、通 常生活（母屋）の部分を除外し、その他を経費とします。建物のうち、母屋の部分を除外し、その他を経費とします。農機具等に対するものは、全額経費になります。山林については、通 常、農業収入に直接関連が無いため除外します。また、農産物等を出荷、又は、直接販売し、入金時に領収書を発行するに際し、印紙税法に基づき、規定された印紙を添付した場合経費とします。

公課；農業協同組合等の組合負担金、賦課金、家畜等登録費用（農業協同組合出資金については、資産の転化と見なされるため経費にはなりません）

種苗費 種や苗の代金。なお、自給分については、収穫時の価格を経費とするとともに収入欄に事業用消費も計上します。
肥料費 購入肥料、堆肥用わらで購入したもの等の代金。自給分については、収穫時の価格を経費とするとともに収入欄に事業用消費も計上します。
雇人費 従業員に対する給料賃金、手当、賞与。被服代、まかない用の購入材料代等。手伝いをした子供に支払ったアルバイト代は経費になりません。
農具費 農具のうち、価格が10万円未満か使用可能期間が一年未満のもの。
土地改良費 土地改良区へ納入する受益者負担金、水利費等。
飼料代 購入飼料；配合飼料、脱脂粉乳、大麦、大豆かす、乾草ビートパルプ、稲わら、ビール粕、無機質添加剤等購入費用。

自給分；自給分については、収穫時の価額を経費とするとともに、収入欄に事業用消費として計上します

諸材料費 種苗、肥料、農具、農薬、飼料等以外の消耗資材の購入費などをいいます。
作業用衣料 純粋に農作業用の為の衣料で、地下たび、軍手、てっこう、キャハン、長ぐつ等も含めます。
動力光熱費 農機具の燃料、動力用電気については、全額経費として計上します。通 常の電気代、ガス代については、実際に農業用の為に使用した部分だけを経費として計上し、残り分については、家庭生活上の使用部分として経費からは除外しますが、この除外作業は、便宜上、決算時に修正するようになりますので、だいたいの使用割合を見積もっておく必要があります。
修繕費 農業用建物、農具、機具等の修理代、部品代等をいいます。但し、大修繕の結果 、使用可能期間が延長する場合、又は、増加する部分がある場合には資本的支出と見なされ、減価償却をしなければならず修繕費にはなりません。この目安は，取得価格の10分の1、又は、６０万円を超過する場合です。
農業共済掛金 農業用建物等の火災保険、生産物、家畜等の共済の掛金を言います。
利子割引料 農業用資産購入の為の借入金の利息、農業経営の運営資金の借入金の利息をいいます。
農薬衛生費 農薬；作物の病虫害防除や除草のための薬剤代をいいます。

衛生費；家畜の医療費、薬品等をいいます。家族の者や従業員のための医療費、薬品代は計上できません。

専従者給与 満15歳以上で、事業主と生計を一にし、もっぱら事業に携わっている親族に対して支払われる社会通 念上適当である給与、手当、賞与等。
車両関係費 事業用車両に関する支出の全部（税金・保険を含む）を計上します。但し、罰金・科料を除きます。
福利厚生費 従業員の保健衛生若しくは慰安に係る事業主負担の支出。従業員の社会保険、厚生年金、労災保険等で、事業主が負担した費用。
原則として事業主・専従者には福利厚生費の適用はありません。
接待交際費 接待費；取引先などを接待する茶菓飲食代、中元、歳暮、年賀などの費用をいいます。

交際費；事業遂行上、直接事業に関連する同業仲間等の交際費で社会通 念上許容される範囲のものをいいます。

通 信費 電話料、郵便料金等が通 信費ですが、これは、生活上でも関連してくるので、事業分と家事分を見積もり、決算時に修正し、経費計上します。
荷造運賃手数料 出荷に要した手数料、検査料、荷造梱包運賃、市場等に支払う手数料。
素蓄費 子牛、子豚、ひな等の取得費及び種付料。
地代・賃借料 農業用の土地、建物の借用料、農機具等の賃借料、農業協同組合等の共同施設利用料。
雑費 農業用の費用で他の科目に当てはまらない費用を言います。